DNA/RNA通过凝胶电泳使之在凝胶中分离出来，通过加入标准核酸分子（markers）对其进行鉴定，并用于转膜、杂交等。 

【试剂】 
10×MOPS缓冲液： 
0.2mol/L MOPS（3-〔N-吗啉〕丙磺酸） 
80mmol/L NaAc 
10mmol/L EDTANa2 
先用400 ml DEPC水溶解20.6g MOPS和4.1gNaAc后，加入10ml 0.5mol/L EDTA，定容500ml。用0.22mm滤器过滤除菌，避光保存。 
1×MOPS电泳缓冲液： 
10×MOPS 150ml 
37%甲醛 80ml 
加水至1500ml。 
甲醛凝胶变性RNA电泳加样缓冲液（10×）： 
50％甘油 
1mmol/L EDTA 
0.25％溴酚蓝 
0.25％二甲苯青FF 
5ml甘油、20ml 0.5mol/L EDTA、25mg溴酚蓝、25mg二甲苯青FF，加DEPC水至10ml，高压后，4°C保存。 
5mol/L EDTA（pH8.0） 
37％甲醛、甲酰胺等。 

【操作步骤】 
1． 电泳槽用0.3%H2O2浸泡30min，DEPC水冲洗晾干。 
2． 铺胶（20ml） 
琼脂糖 0.24g （1.2%） 
无RNase水 17.4ml 
10×MOPS 2.0ml 
37%甲醛 0.6ml 
EB 1ml 
将琼脂糖加水融化后，加10×MOPS，待胶冷却至60°C左右，再加甲醛和EB。（若铺大胶可将上述各试剂的量加大2倍）。 
3． RNA样品处理（以一条泳道为例） 
 
4．加2.0ml甲醛凝胶加样缓冲液（10×） 
5．加样和电泳 
将凝胶预电泳5min，电压降为5v/cm。随后加样品和标准物，以3－4v/cm电压降电泳，电泳液为1×MOPS电泳缓冲液。直至溴酚蓝迁移至胶下游的3/4处。 
6． 电泳结束后，在紫外灯下，仔细测量28S rRNA和18S rRNA至加样孔的距离，并同荧光尺一起拍照，以记录标准物的位置。 

【注意事项】 
1． 每一泳道至多可分析30mg RNA，通常用10-20mg总RNA进行Northern杂交，可以检测高丰度mRNA（占mRNA总量的0.1%以上）；如待测RNA含量极微，每个泳道加0.5-3.0mg poly(A)+ RNA。 
2． 标准物28S rRNA»6333 base；18S rRNA»2366 base；9S兔b珠蛋白mRNA»710 base。 溴酚蓝在前(»300bp)，二甲苯青FF在后(»4kb)。 

二、RNA样品的转膜（虹吸印迹法） 

【试剂】 
20×SSC：175.3g NaCl，88.2g柠檬酸钠，DEPC水定容1000ml 
NaOH调pH至7.0，高压后备用。 
6×SSC： 用20×SSC稀释。 

【操作步骤】 
1． 将电泳后的凝胶用蒸流水漂洗2min，20×SSC浸泡30min。 
2．剪一与凝胶大小相等的硝酸纤维素膜，用蒸流水浸湿后放入20×SSC中。 
3．在方盘上放置一平板，其上放置一滤纸，滤纸两端搭入盘内浸入20×SSC中。 
4．将凝胶倒置于平台上, 底面朝上，切掉右下角，并用保鲜膜封闭四周。 
5．将硝酸纤维素膜放于胶上，赶走气泡。 
6．膜上放两张滤纸，其上再放20层吸水纸。 
7．吸水纸上放一平板，其上放500g左右的重物。 
8．室温下过夜转膜，期间换纸2－3次。 
9．完成转膜后，在紫外灯下观察效果，并标记好序号、加样孔位置和28S，18S的位置。 
10．用6×SSC浸泡硝酸纤维素膜5分钟，滤纸吸干，80°C烤箱真空干燥2小时。室温保存。