1.高通量的研究基因功能

在后基因组时代，需要大规模高通量的研究基因的功能，由于RNAi能特异的阻断基因的表达，因而RNAi成为研究基因功能的很好的工具。研究者将线虫三号染色体上2232个基因对应的dsrna合成出来，并注射到线虫性腺内，然后观察子代细胞分裂时出现的异常表型，结果发现了133个基因与细胞分裂异常有关。其中104个基因以前没有发现有这种功能。在另外一项研究中，线虫一号染色体上的2416个基因对应的dsRNA被构建到细菌文库中，然后将细菌喂给线虫，观察形态学的异常，异常的运动，性别比例的变化，不孕的情况，结果将于这些表型有关的基因从70个增加到178个。

2.基因敲除

在线虫的体内外试验中，RNAi都能达到基因敲除的结果，从而成为研究这些基因功能的良好工具。对于哺乳动物，RNAi能在体外培养的细胞达到基因敲除的效果，对于一些敲除后小鼠在胚胎时就会死亡的基因，可以在体外培养的细胞中利用rnai技术研究它的功能。由于RNAi能特异的阻断基因的表达，它成为研究信号传导通路的良好工具。在线虫体内，胰岛素和受体结合后可以活化DSOR1,它是MEK的类似物，DSOR1活化后可以激活ERKA,它是ERK的类似物。用以DSOR1为靶目标的dsRNA可以阻断DSOR1的表达，虽然总的ERKA的表达不受影响，但由于DSOR1的表达被抑制，因而胰岛素刺激后ERKA不能活化。RNAi还被用来研究在发育过程中起作用的基因，如可用RNAi来阻断某些基因的表达，来研究他们是否在胚胎干细胞的增殖和分化过程中其起着关键作用。

3.基因治疗

目前抑制基因表达常采用反义技术或转入没有功能的突变体与该基因竞争。这两种方法对基因表达的抑制都不如RNAi特异持久。作为基因治疗的工具，RNAi既特异，又简便易行。RNAi在某个基因表达异常增高引起的疾病中会非常有用，如病毒感染，肿瘤等。CDK-2是调控细胞周期的一个关键基因，用以CDK-2位靶目标的dsRNA能阻断99.7%的细胞中CDK-2的表达，而在对照中只有0.2%的细胞中CDK-2基因的表达降低