上海中科院发展了一项新的计算分析流程，并应用于RNA A-to-I 编辑位点，该技术无需测定基因组DNA序列，只需多个样本的RNA转录组信息进行比较，即可获得高准确度的A-to-I RNA编辑预测。  中科院上海生命科学研究院计算生物学所杨力研究组和生化与细胞所陈玲玲研究组的合作研究发表了一篇论文，Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human tranｓｃｒｉｐｔomes in the absence of genomic sequences。该项研究发展了一新的计算分析流程。并应用于RNA编辑位点的预测，在人体组织中发现了600多个成簇（clustered） A-to-I RNA编辑的新位点及其在人组织间的差异调控;重要的是，该研究还发现了在非重复序列中存在的成簇RNA编辑位点及其序列结构特征。该计算流程及其所带来的新发现，进一步丰富了人们对RNA编辑的认识，也开拓了对RNA编辑功能研究的思路。与以往RNA编辑检测方法不同，这一计算流程不需要测定同一样本的基因组DNA序列来排除背景干扰，而只需要多个样本的RNA转录组信息进行比较，获得高准确度的A-to-I RNA编辑预测。值得一提的是，在此项研究工作审稿过程中，一篇Nat Methods （Ramaswami, et al, Nat Methods, 2013, 10: 128-132）文章报道了另一种只利用转录组RNA信息来预测A-to-I RNA编辑的方法，这提示在今后的研究中可以利用类似的方法对更多转录组数据进行分析，来进一步研究RNA编辑在基因表达调控上的功能作用。 |
