 zui近研究数据表明，大多数的蛋白质都有其特定的代谢物，而与之相关的这些作用是参与新陈代谢和基因调控的。但是，至今为止，还没有一个较为完善的办法来系统的鉴别这些别构作用。基于此，在这篇文章中，研究人员提供了一个有效的途径，可以通过一些动态的代谢数据来识别机体内的这些别构调节作用。 研究人员通过每30秒更换一次大肠杆菌的培养条件，即在含有丙酮酸盐和13碳标记的果糖或者葡萄糖的培养基中转换培养，研究人员测得了糖酵解途径中的逆转通量和相关代谢物浓度的变化，然后研究人员通过整合数据和构建糖酵解途径的动力学模型，系统地测试了126种可能的调节方式以及其对代谢产生的影响。研究人员zui后确定了糖酵解，糖逆生之间的可逆调节作用，这里面就包括与丙酮酸盐激活果糖-1,6 -二磷酸酶相关的一个别构调节作用。因此，这篇文章中提供的方法就是通过假定别构调节酶活性的方式，然后通过系统测试，来测试出zui有可能的酶活性调节方式，zui后根据这些信息，来进一步推测这些别构蛋白的功能。 原文摘要： Systematic identification of allosteric protein-metabolite interactions that control enzyme activity in vivo Hannes Link, Karl Kochanowski,Uwe Sauer Recent data suggest that the majority of proteins bind specific metabolites1, 2 and that such interactions are relevant to metabolic and gene regulation3, 4, 5. However, there are no methods to systematically identify functional allosteric protein-metabolite interactions4, 6. Here we present an experimental and computational approach for using dynamic metabolite data to discover allosteric regulation that is relevant in vivo. By switching the culture conditions of Escherichia coli every 30 s between medium containing either pyruvate or 13C-labeled fructose or glucose. |
