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引物设计的原理与程序
点击次数:512 更新时间:2016-01-07

一、设计原理
1.选择合适的靶序列:设计引物之前,必须分析待测靶序列的性质,选择高度保守、碱基分布均匀的区域进行引物设计。
2.长度:一般来说,寡核苷酸引物长度为15-20bp.
3.Tm值:引物的Tm值一般控制在55-60℃,尽可能保证上下游引物的Tm值一致,一般不超过2℃。若引物中的G+C含量偏低,则可以使引物长度稍长,而保证一定的退火温度。
4.(G+C)含量:有效引物中(G+C)的比例一般为40~60%。 
5.碱基的随机分布:引物中四种碱基的分布是随机的,不存在聚嘌呤和聚嘧啶,尤其在引物的3’端不应超过3个连续的G或C.
6.引物自身:引物自身不存在连续4个碱基以上的互补序列,如回文结构,发夹结构等,否则会影响到引物与模板之间的复性结合,尤其避免3’末端的互补。

二、引物设计操作流程
序列下载 

同源性比较 

引物设计筛选

1.序列查找 
根据所需检测的病原体或者待检特定基因,序列。
引物设计的原理与程序
2、同源性比较 主要有两种方法 

 
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